1614年，藏巴第斯·平措朗杰給覺囊寺劃轉生態園和庶人。在其支助下，多羅那他勘測地貌，設計圖，第二年在覺囊寺周邊建造了達丹丹曲林寺，全稱稱為“貝達丹達曲林艾敦噶哇蔡”，意為“吉祥如意牢固正法洲了義開心園”。在暑假游學前藏期內，多羅那他收集了很多具備很高使用價值的書本，帶抵達丹丹曲林寺。
達丹丹曲林寺始建時有經堂20余間，僧舍一百間及院墻，用金銅鍛造了內供三所依、大中型七世佛象，及其規格稍低于七世佛象的嵌入各種各樣珠寶首飾的無量壽佛像、度母像、大佛母像和布祿金鋼像，用金銅鍛造了大中型勝樂本尊全身像。依照《時輪》所出示的規范，修建了如來佛祖八塔和別的塔，所有以金、銀、珠寶首飾相飾。此外，在覺囊和達丹丹曲林寺各自創建了二層樓和一層樓高的銅制電鍍金彌勒佛像，印刻了《篤補巴全集》和別的上師的專著共40部，及其《甘珠爾》和《丹珠爾》各一套；制做了一批供跳神用的面罩、武器、服裝及唐卡。多羅那他前后左右用了13年時間完成了達丹丹曲林寺的建造、內部室內裝修，制訂了寺廟管理方案和學經規章制度，按時舉辦宗教信仰主題活動。那時候僅達丹丹曲林寺的學僧就做到1300多的人。依照《多羅那他自傳》常說，1619年，在達丹丹曲林寺修建了各種類型的佛殿，雕立佛象，集結180多名譯師梳理校訂了《甘珠爾》經170好幾部和別的經卷200好幾部。達丹丹曲林寺創建之后，覺囊派的文化活動中心從覺囊寺漸漸地遷移抵達丹丹曲林寺。
五世達賴喇嘛洛桑嘉措獲得西藏地方政黨之后，開展了一系列的改革創新，宗教信仰層面消弱了一度和藏巴汗串通在一起的噶瑪噶舉派和薩迦派的陣營，驅使受藏巴汗適用的覺囊派主寺達丹丹曲林寺和別的小寺改宗格魯派，改名達丹丹曲林寺為“甘丹平措林”，并且燒毀了覺囊派的一部分經卷，另一部分被保存起來，嚴禁廣為流傳。寺內的覺囊派佛家弟子一部分添加薩迦派，另一部分立即改奉格魯派。
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