貢噶仁欽（1475-1527），直貢替寺第十五任主持人，久阿巴的次子，全稱貢噶仁欽貝桑布。他十七歲時受沙彌戒，二十歲受比丘戒，在1494年至1527年里擔任主持人。先前，直貢主持人位空懸達十年之久。貢巴一職初由貢噶仁欽的媽媽出任，之后以年老為由，讓直貢寺議院的軌范師絳曲仁欽的侄兒貢布堅參出任。貢噶仁欽當政階段，西藏自治區社會發展進到內憂外患，各地區陣營中間、各教派中間分歧四起。1481年，仁蚌·頓月多吉涉足前藏，1496年仁蚌巴操縱拉薩市。1500年，頓月多吉另外邀約噶瑪紅帽四世曲扎益希和貢噶仁欽到吉續。此后，直貢派添加到仁蚌政黨和噶瑪派隊伍，協力應對格魯派和帕珠派。《直貢法嗣》說：“1516年衛藏間產生戰爭，直貢佛家也遭受危害。貢嘎仁欽闡述直貢寺與帕珠丹薩梯寺中間的友善歷史時間，但僅僅有利于中國軍隊圓滿分散化，而沒有獲得實際性的經濟效益”；“沒多久乃東巴（即帕珠政黨）舉大兵，直追墨竹地域，己方由貢巴貢布堅參快速領兵前往應戰。”1518年，帕珠派驅使仁蚌巴陣營撤出拉薩市地域。1519年，貢噶仁欽前去羊八井寺謁見曲扎益希，密商仁蚌巴撤出拉薩市后的防范措施。1521年前后左右直貢派又與沃卡達孜宗產生爭戰，“己方精兵將沃卡瓦部隊人財俱獲，因此帶去一些主仆為人質事件”。
有關直貢派與格魯派中間的斗爭，在《西藏王臣記》中記述：“原來直貢派與噶丹派（即格魯派）在政教兩層面擁有緊密聯系，可是這名主持人（即貢噶仁欽）驅使直貢下屬的格魯派寺廟的佛家弟子更改僧帽（改黃帽為紅帽，即改格魯派為噶舉派），并武力威脅別的寺廟。基本上無時不進兵造反，對直貢噶舉沒有干什么有利事就坐化了。”東嘎·洛桑赤烈在《論西藏政教合一制度》講到：“1526年，直貢主持人貢噶仁欽督率工布和雪卡兵士，占領了在直貢和墨竹地域的歸屬于噶丹寺的生態園，因而，直貢派和格魯派中間暴發了戰事。”又云：“1537年，直貢派斬獲了格魯派在直貢和墨竹一帶的十八座尺寸寺院，并更改了這種寺院的佛家弟子遮陽帽色調。”《直貢法嗣》也認可了直貢派與帕珠派和格魯派中間往往發生爭執，以至武士刀相遇，其義務在直貢派，但把這個義務又全推在直貢政務官貢巴貢布堅參的的身上。“之前，山居噶丹派與直貢派中間，在政教層面的關聯都很緊密，僅因貢巴貢布堅參把澎域地域交由己方，使克珠門朗白瓦不滿意，故有噶丹派僧兵的侵略。并且直貢與帕珠中間也出現了很多互相埋怨之事。我萬家府內一些人也數次挑起戰爭，讓格魯派諸寺改宗……”
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