密教中，表明佛、觀音菩薩等諸尊常說真言之梵字。乃真言旅人修字輪觀時需解悟者。又作種字、種子字。因此稱種子者，乃因其具備‘自一字可生多字，多字復可賅攝于一字’之意。故知‘種子’一詞，帶有引生、攝持之義。比如合十字為一句，若以第一字為種子，則可依之引生下邊九字所具備之觀智，另外此九字之實際意義也可以攝取第一字。密教既以其理表明若了知一法，即了知一切法；若了知一法空，即了知一切法空；若能于一字潛心行觀，修諸行愿，即能于一切行愿皆得完滿。
一般而言，種子具備三義，即：(一)了因義，例如由煙而識火之體性；經(jīng)過觀種子之字門，就可以了知佛智。(二)生因義，例如由谷物等之種子可長出地下莖百果等；由種子可生三昧耶形。(三)本有義，意謂字門即諸法之根本原因，具足原本之性德，而可做為軌范者。以具足所述三義，故密教諸尊多以之為定性分析。
諸尊之種子，就來源于來講，有以下多種：(一)較普遍者，多采用真言之第一字，比如胎藏界大日如來之種子字，月天下種子字，水天之種子字。(二)以真言當中字為種子者，如地藏像之種子字。(三)亦有選用真言之終字為種子者，如金鋼界大日如來之種子字，釋迦之種子字。(四)取梵號認為種子者，如文殊之種子字，醫(yī)師之種子字。(五)源自與本誓相對之術語，如圣觀世音之種子字，系源自
samantamukha（普門）一語。(六)真言與梵號并取者，如阿彌陀佛之種子字。
除一尊個別之種子外，另有相通于該類諸尊之種子，稱之為通種子，比如金鋼界五部，各因其主尊（大日、阿閦、寶生、彌陀、不空造就）之種子為其各處之通種子。又種子并不限于諸尊常用，一切法決悉得創(chuàng)建種子，如五大都有其種子：地之種子為（阿字門），水為（縛字門），火為（啰字門），風為（訶字門），空為（佉字門）。除此之外，撰寫種子之曼荼羅，稱之為種子曼荼羅；以種子觀行，則稱種子觀。歷年來有將密教經(jīng)軌中諸尊之種子輯錄成諸尊種子真言集、種子集等。
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