賽菊巴寺，在日喀則地區薩迦縣地區，坐落于縣駐扎地東側、賽·藏節曲河（夏布曲河上下游）南岸。寺院位于在大日山南邊的山腳下的山坳里，三面望山，西北距帕度村八百米。賽菊巴寺亦稱“藏堆賽菊巴甘丹頗章”。興建于15世紀中期，由宗喀巴大師八親教徒弟之一的吉·吉饒僧格修建。
吉·喜饒僧格（1382～1445）生在后藏地區，從小剃度出家，除依宗喀巴學習培訓佛教外，曾拜賈曹杰（1364～1432）從師學習進修密宗經典。1419年，絳欽卻杰向宗喀巴明確提出建造專業學習培訓密宗經典的寺廟的提議，宗喀巴表明贊成，并了解諸徒弟誰愿擔負該項每日任務，高手 連問三次后，吉·喜饒僧格服務承諾想要擔負。奉師命他與第一世達賴根敦珠巴（1391～1474）去后藏建寺，信心弘傳密法。那時候有刑事辯護律師羅朱柏巴來從他二人聽到顯密教學，別的善賢弟子亦從喜饒僧格學密法，依根敦珠巴學顯教，羅朱柏巴為副講，講聽之風盛極一時。喜饒僧格先在薩迦賽地區建立賽菊巴寺，為格魯派建造教給密宗寺廟的開始。該寺建成后，他將寺院交到徒弟德朗巴·班丹桑布管理方法，又在甘丹寺建造一座密院，后回到堆龍德慶在“曲敏龍”地區又建造一座密院，這座密院連在后藏的密院一起稱之為上、下密院。吉·吉饒僧格也因建造發展趨勢密宗寺廟而聲名鵲起。
賽菊巴寺創建后，推行“赤巴”（意即“法臺”或“座主”）管理制，第一任至第十三任赤巴（即：吉·吉饒僧格、德朗巴·班丹桑布、根堆培、哲西帕巴、班欽·桑杰嘉措、貢覺嘉措、貢覺央培、甲央謝巴）圓寂后，由拉薩市下密院向該寺委任赤巴，任職期三年，直到1961年。
賽菊巴寺占地12000平米。關鍵由正殿、甘丹頗章、僧舍等構成。寺院杜絕村舍，老樹成蔭、自然環境清雅，是全身心修法的好場地。
正殿：由第七任赤巴·多吉桑布（生卒年不祥）建立。朝南，高三層。第一層由前廊、經堂、佛殿三一部分構成。前廊總面積2柱，廊前繪彩四大天王。經堂總面積16柱（4×4排序），面闊5間凈寬5間，主供宗喀巴鋁合金等身像，兩邊敬奉吉·吉饒僧格（寺院創辦人）、德朗巴·班丹桑布（生卒年不祥）、根堆培（對密宗頗有建樹）、哲西帕巴（生卒年不祥）、班欽、桑珠嘉措（生卒年不祥）、尊珠帕巴（生卒年不祥）、多吉桑布（生卒年不祥）泥塑制作等身像及密集金剛、勝樂金剛、能怖金鋼鎦金塑像；兩側靠墻置經書柜，供放印刷制版《甘珠爾》一套、金汁撰寫的《般若經》一套；墻壁畫為十六十八羅漢及護法神內容。佛殿總面積2長柱，上正前方辟木格亮窗，正殿主供釋迦摩尼佛及八大隨佛弟子（即：舍利弗、目犍連、須菩提、優婆離、阿那律、富樓那、迦旃延、羅睺羅）泥塑像，高2.7米。正殿第一層東面為護法神殿，西邊2間，主供能怖金鋼及六臂依怙、吉祥天女、財神爺等泥塑像，高2.5米；正殿懸架刀、槍、劍、弓、箭、鎧甲等武器。正殿第二層西邊為強巴佛殿，東向，總面積4柱，主供強巴佛鎦金塑像，高2.5米，上下敬奉宗喀巴師生三尊、十一面觀音、吉·喜饒僧格鎦金塑像，高約2.5米；南、北端經卷架子上供放《甘珠爾》、《丹珠爾》及宗喀巴大師的經典著作。第二層前廊上為熱色欽姆，朝北，供有能怖金鋼、勝樂金剛、密集金剛鋁合金質像，高約0.5米，供有第十任赤巴貢覺央培（壽終83歲）銀質靈塔，高0.6米；收藏有效金汁撰寫的《般若經》六套，尤其寶貴。
甘丹頗章；即拉章，為該寺最開始的工程建筑。坐落于正殿北端，朝南，高四層，層總面積4柱。第一層為倉庫；第二、三層為列任赤巴臥房；第四層設立佛殿，正殿主供馬頭金剛、密集金剛、勝樂金剛泥塑像，高0.5米；供有宗喀巴鎦金塑像，高2.5米，也有宗喀巴賜的“勒欣”（經卷套）被譽為寺寶，供放在其中。
珠布曲山泉水：坐落于寺院南端。水從一石頭縫內潺潺流失，清澈透亮，原為噶廈政府研發藏藥“陸君日布”的專用型水，此水毒副作用非常大。流傳吉·吉饒僧格在這里靜修坐禪至大圓滿時，從石頭縫內冒出藥山泉水，后被僧俗教徒視作鑲災除病之圣水，迄今仍有不遠萬里的香客在這里采水或淋浴看病。
賽菊巴寺在民主改革前有溪卡3個，即旺丹格多、俄布、熱門溪卡，農田300余畝、喇嘛85人，現僧人勞動定員8人。“文化大革命”中寺院被毀。80年代國家撥款剛開始建造，在建正殿1座，高二層，總面積54.6平米（面闊6米，凈寬9.一米），有立柱6根，已能開展一切正常的佛事主題活動。
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